在航行缓慢的16-18世纪，在最后的信里，滞留中国的
西洋耶稣会士都流露出回家的愿望，连虔诚的利马窦也仍是他父亲乔万尼·巴蒂斯塔·利奇的儿子。
这一点，“主的儿子”与崇拜祖先神的中国人没有本质区别，最初的“礼仪之争”并不深刻，它并非反对中国人崇拜父母，它争执于琐碎的仪式：要求中国信徒用天主教的方式纪念父亲以及先师孔子，把父亲、孔子甚至上古的共同祖先也当成与自己平等的上帝的羔羊，同时，在葬礼的第二天就照常工作，重新投入到社会中，第二天就开始过问别人家的痛苦，这都是中国人无法接受的——传教士因为海外的工作无法回故乡，参加父亲的葬礼，而当时的中国人无论在哪里，都要放下手头的事务，回家守孝三年。
利玛窦去世于1610年，根据教友金尼阁的回忆：这一年繁忙的事务“将他压垮”——来自全国各省的官员，总数达五千人，聚起来朝觐万历皇帝；另有五千考生参加进士考试，这些人都想拜会利玛窦。
谈话往往这样进行：先是关于世界的轮廓和中国之外的地理，然后，地方官员抱怨起本地的灾害——“持续三月的干旱导致了宁波的饥荒，求雨后又发生了风暴”——他们问欧洲人如何对付这一切。
“我们祈祷天主。”利玛窦说，至少在口头，他已颇厌倦迂回地从科学将人引向宗教的奥妙，他不再重视教育的过程，而过去正是这些过程给中国带来了崭新的西洋知识。某些中国知识分子，如果不是面对面，态度可能会更犀利些，直到生命最后，利玛窦仍在不断接到中国各地的来信，要求他答复问难。
这其中，有李贽这样的著名学者，这位同样具有现代气质的中国智者与徐光启相比，因为在知识结构方面是“纯文学式的”，热爱讨论道德，紧贴事物直觉的本质，用“当然”代替了“所以然”，但他无法像徐光启那样，用数学深化自己的智慧，李贽对利玛窦怀着复杂的感情，赞赏他的智慧和冷静，但李贽盲目维护佛教的尊严，他在利玛窦去世之前的几年就自杀了。
利玛窦为此感到惋惜，他觉得，傲慢的李贽身上有一种虔诚的精神，他的敏锐则完全消耗在中国人碎片一般的阐释与分析中,而若是在欧洲，他的才智将非常适合在学院里从事系统的科学与神学的研究，利玛窦非常希望他能皈依，那才是真正的征服。
“然而，你们的诸神却并非如此，它们有眼睛，却什么也看不见……”在最后的日子里，也因为李贽的死，对待那些上门的官员，利玛窦显得有些急噪，而在临终的时候，他口里喊着，想要驯化中国的皇帝——除了李贽，这是另一个他最想使其皈依的人。他也许一生都梦想成为万历皇帝的国师。
这对于天主教其他教派也许更可能——宗教国师借军事和政治手段传教，不惜策动内战，耶稣会士则以“适应”的原则行事，入乡随俗，同时将教化的内容变成没有攻击性的“知识”，让人用学知识的方式接受信仰，会员在获得传教资格之前，要通过不少于十四年年的系统训练，不仅是神学，还有各种自然科学知识，他们借助以数学为主的技艺，证明自己处于现代知识的前沿，继承了文艺复兴人文主义的精髓，是智慧的主流，从而让路德派新教在智力的较量上不战自败。不过他们在远东没有发现他们假想的传播新教的敌人（实际上，这些新教牧师大约两百年后才在东亚出现），因此他们的对手其实还是亚洲人的头脑本身。
即便同为耶稣会士，在印度和日本，沙勿略也并没有找到适合传播科学的机会，他发现，这些国家的人都有坚定的原始信仰，无法接受最基本的天文学观念。但在中国，他的同事利玛窦注意到，固执的中国僧侣尽管在伦理和哲学方面与他陷入舌战，但并没有真正用“须弥山模式”的宇宙观来攻击基督教天文学——究竟是上帝居住在佛陀的空间，还是佛陀居住在上帝的空间里，并没有形成一个清晰的追究，抛开宗教名称，理学的“神”可有可无，它信仰的中心是一个真空，并不排斥“实学”，江南的东林党人则发现，西洋传教士至少在道德理想方面与他们惊人的一致。沙勿略在日本还卷入了丰臣秀吉与反对他的诸侯与武士的战争。在印度，他还必须动用古老的复活术来显示奇迹——这些手段，利玛窦在中国从来都不用。
利玛窦到中国，立刻发现中国的和平很稳定，人均文化水平相当高：大部分人“都至少能了解一至两本书的内容”，对书本知识记忆力很强，并能将学到的知识转述他人。所以利玛窦就从记忆力的展现开始，对中国人的头脑灌输影响，继而是地理学，相信“盖天说”的中国人立刻就接受了他椭圆形的世界地图，他们“竟然很容易就放弃了中国是世界中心的想法”，并接受了“地球”的概念；他们遵循“五行”的观念，并且不知道有空气存在，只知道是虚空，但“当他们推论错误时，他们却并不顽固坚持错误的结论……”——利玛窦虽然怀疑那是某种冷漠，无所谓的感觉,但还是觉得中国人很愿意接受新的知识，也很温和；接着是数学，徐光启发现，西方的笔算同珠算相比，虽然在整数处理方面并无特异之处，但处理起余数和小数来十分简便，巧妙的几何学则非常受欢迎，因为它的许多测量方法听起来与《周髀算经》都有吻合的地方，并且饶有趣味。因语言障碍问题，利玛窦放弃了教授中国人逻辑学，而中国自公孙龙与惠施之后，逐渐也没什么人把语言的逻辑当成专门的学问来研究。
那时候在中国旅行并不自由,经过一些阻碍之后,利玛窦逐渐在大城市里有了三个最著名的“弟子”：瞿太素学化学，李之藻学习制图，徐光启对几何感兴趣，此三人都是上流知识分子，瞿太素建议利玛窦穿起儒家的服装，这正合耶稣会士的心意，之前他曾尝试打扮成和尚接近中国人，并与他们空谈教义，但并不吃香。
这三个人说：在利公的帮助下，他们正在“找回中国已经消失的过去，重新测量和计算中国的过去”。他们说的很可能是中国传统的历法。
1610年，在考试的空隙中，登门寻找利玛窦求教几何的人络绎不绝。有的人暗下决心，如果中了进士，就立刻开始学习数学，研究《几何原本》。在此之前，许多中国读书人都在求取了功名之后感到无所事事。
1610年的暮春，这种忙碌的社交导致利玛窦的饮食失去了规律，因为这些来访适逢他的大斋期，而他坚持在斋期一日三餐，即使吃到一半被来客打断，他也不会回头继续吃，同时他的头疼也加剧了，5月11日傍晚，他上床然后死去。
当时，身为翰林编修的徐光启还差几个月才结束3年的丁忧，无法来北京参加精神导师的葬礼。他在丧母的悲伤之中与世隔绝，整天翻看利玛窦为他写的关于生死的书，他几年前曾凭借这些书战胜了对儿子生命的担忧，后来儿子康复了，现在他通过这些书缓解对母亲的思念。
可即使徐光启明确表示了对天主教的皈依，日常生活仍然按照一个标准中国人的规矩行事。
此举在利玛窦看来没有什么不可，但他的教友龙华民则相当地不悦，利玛窦死后，龙华民接任北京会督，立刻就向罗马教廷写信，要求针对这样“脚踏两只船”的中国信徒做出裁决，这可能就是“礼仪之争”真正的开始。龙华民一度引发了传教士的内讧，他自己也是一名博物学家，擅长地震学，但他坚持不向中国人泄露任何知识。
利玛窦有一桩未了的愿望在徐光启的心里。
三年前，徐光启曾经和利玛窦多次讨论过中国历法的事情，他发现利玛窦一直在各地搜集中国天文学方面的书籍，“以便随时听到皇帝的召唤去修改中国历法”——这些书籍在由天津去北京的路上曾经遭受到扣押，这是些各种版本年份都有的书籍，它们讽刺地说明本朝开国时严禁的学习历法、编写历法的行为在民间一直存在。
利玛窦每次去北京，都要经过城东内侧的一座高山，山的一边有一块开阔的平地，非常适合观察星象。那里正是本朝的观星台，在平地上，他远远看见好几个精美的天文仪器，感觉这个国家是由龙支撑的，有一种最大的球仪，能够在水力下均匀运动，很像天体仪，近看却没有精确的分区，很像是一个“未完成的浑仪”。
“也可能是错误”，因为徐光启记得，正统十一年（1446年），也曾发现“简仪未刻度数”，类似的错误还陆续被发现：比如，新制的圭表，置于空旷的台上，结果“光皆四散，影无定则”；还有新制的漏刻，因为屋檐很低，难以有空间注水——这真是个低级错误。纠正起来如此容易，却还是花了一年。同年，又报北京的地极出地度与南京不同，而新漏刻的漏箭也仍然是在按迁都之前南京的漏刻刻制，“不可用”。
到嘉靖二年（1523年），当年北京方面仿南京旧仪器制作的简仪和浑仪也由于多年的岁差，要做全面的调整。那时候，政府已经多年测不准月食和日食了，为此，许多官员被投入监狱，甚至被砍头。
在皇帝看来，日食月食虽然没有直接的后果，可仍然属于灾难，类似于史书经常记载的朝廷地板上突然长出一棵树，会让全国人心惶惶。而且，利玛窦也发现，钦天监的官员，没有学术知识，只不过是按古代的历法计算时间，如果错了，就归咎于陨星，有时候，为了掩盖错误，他们捏造一些重大事件的警报。
一位法国传教士犀利地描述：“（当时中国政府的钦天监）并不属于九卿之列，不像中国上古的时候那样，是最高的机构，他们只有权看星星，在地上却没有可以观察的对象……他们会因错报而受到惩罚，可是我们从未见过因工作受到犒赏的例证……如果钦天监是一名富翁，同时又是一个热爱天文的人，他会为他的同事带来许多麻烦，他的改革会在机构中造成‘全面的内乱’，周围的人会说：‘投身新的困境有什么用？我们将被置于犯错误的境地……’”
中国古代的天文仪器和历法，在元代的郭守敬手上达到了原创的顶峰，只是这些前朝的仪器，到了明朝，完全只能仿制，错漏百出，甚至朱元璋本人也亲手毁坏了大多数元代的天文仪器，只留下一两套最基本的——剔除了研究目的的天文观测，自然不需要多余的设备。
国家的历法经过明初十余年的调整，最后也僵化下来，皇帝最终认为，只要懂得沿用就行了，中国朝代之间通用的东西并不多，但历法却被高度地维持。只是在皇帝做决定之前的十余年的调整期，前朝的历法仍可做出些微的调整，那时，政府还聘请了回族天文学家黑的儿、马德鲁丁、马哈麻父子等到司天监工作，观测天象，翻译《回回历法》，作为国家历法的参考，洪武十八年的时候，回回天官原因不明地被罢免，但天文机构的回回科仍在，回回历法在中国朝廷里还持续存在了两百七十多年，始终作为国家历法的参考，只是人一走，茶就凉，基本只是个参考了，回族天文学并未参与后来的中国历法改革。利玛窦也曾注意到，中国当时现行的历法里，有阿拉伯天文学家的影子，他就问光启，是否有西域的人在钦天监为官，光启说已经没有了。
徐光启接着却问：那些“中国民间自己的人才”可不可用，他指的是那些民间书籍的作者，利玛窦认为不可，虽然自弘治二年（1499年），明初以来的私习天文的禁令已经渐渐松动，但那些天文著作，出自民间缺乏知识的人之手，反而更多谬误，有些人更完全是方士，比官方的无能之辈更加可怕——自汉朝针对秦时焚书采取了向民间征集没有被烧的书籍，民间开始了一种制造伪经的传统，每个人都宣称自己家里的墙壁藏有经典。
利玛窦甚至预言了这些“草根天文学家”将在日后生祸端，而正是这些人组成了后来试图与徐光启的历局叫板的“东局”，多半是民间的顽固派和骗子。这与他先前对中国读书人的印象颇有些矛盾，但徐光启告诉他，汉时也不乏落下闳这样的布衣俊杰，估计是本朝开国时对民间天文学教育和研究的禁锢，导致这几代人的天文知识陷入匮乏和荒谬，况且天文仪器仍然是国之重器，全国一共才那么几十台，即使天文学的研究解禁，仪器也始终不得私造，民间有效地观测比偷偷地写天文书籍困难多了。当然，方士则一直都有，只不过历法紊乱之后，他们和坚守祖制的人一样活跃起来。 相比之下，方以智、李时珍、徐霞客、宋应星这样真正埋头研究事物的人，他们研究的领域和官方对知识的分类几乎无法对应，也因为本人不那么注重功名，他们并没有同朝廷真正对话。
利玛窦还希望徐成为他们这些外国传教士有关中国占星术的顾问，这样他们就不至于受到中国方士的陷害。他们并非没有能力学会中国方士那一套,但他们觉得这东西实在不算知识,超过了他们“适应习俗”的底限，所以非常抵制。
中国是个如此注重历法的国家。甚至这个国家的文学，可能完全建立在一种命令和陈述的口吻混合基础上，比如，很多书里，我们完全无法分辨某些行为，是陈述一个已经发生的事情，还是命令人们应该做什么——我们无法分辨，那是记录事实，是新闻，是个案，还是道德寓言，或者政府的号召，当我们说“七月流火，九月授衣”，这也许就巧妙地把自然时间和命令的时间表混合在一起了，使百姓习以为常，安于摆布，日常行为按照国家的范围统一。而现实本身又因极度模仿规定,大多数的日常行为逐渐与伦理没什么差别,所以《礼记》这样没有叙事的书甚至各朝历法农书又多少能当成浓缩的历史来读。这当然也是可悲的事。
只可能在南北朝这样的时期，当所有的政权都松散了，中国才出现了类似《荆楚岁时记》中依稀描述过的较为自由的地方心理时间。 梁朝地方官宗懔目睹北方流民迁入长江中游地区之后，本地的历法完全成了一个南方北方各种宗教与迷信的大杂烩，他放任人们在任何时候崇拜任何神，那时候，关于天空的猜测五花八门，连梁武帝自己都成了一个颇有民主风格的业余天文学家，他并不那么严肃地使用他自己领悟的占星术，那时官方历法虽然也一直在有人研究，但社会效用一时非常微弱。印度佛教的天文观也是这个时候混合到中国人头脑里的。
但在利玛窦赶上的中国明朝，政府重新板起面孔，历法重新主宰着国家，当他施展了他所有的知识和魅力去影响中国人之后，发现天文学是他的局限。
利玛窦对徐光启透露，他已经写信罗马，要求他们派更熟知天文的人来，他在信里对教廷说：中国人对行星轨迹和真实位置以及日食的计算尤其重视，历法在中国的重要性，大大超过了欧洲，他的知识和头脑中的藏书，已经不能满足这一要求，但这是个非常好的机会，通过帮助中国改革历法，使教会赢得声誉……
然而，航行如此缓慢，从利玛窦这封信出发，到罗马教廷最后派出以金尼阁等人到达中国，时间已经过去了十五年。
这十五年里，利玛窦去世，明廷在对天象误差忍无可忍的情况下，曾经试图简单地通过在京的耶稣会士翻译西方的历法来弥补《大统历》的不足，但不久就搁浅，原因是南京耶稣会士用钱财收买人心，发展信徒，几乎形成政治团体，从而引发了南京教案，致使全部传教士都被驱逐到澳门，许多人装在笼子里被驱逐。这些人在澳门仍被葡萄牙总督继续监视，因为葡萄牙人为了维护在远东的天主教区要努力迎合中国政府。
当时，金尼阁带着他挑选的精英——共二十二位博学的传教士——正航行在路上，准备接应在中国生死不明的利玛窦——他们在路上观测天空：“当我们穿过赤道时候，发现了南半球的所有星座，在南极附近几乎没有什么值得注意的星，但是整个天空被银河所占满，从天蝎座开始一直到天狼星。我们在北半球没有看到什么不可忽视的东西。北京的天空可能大致如此。”
但他们对于中国的天文知识还缺乏了解，当时他们也并不知道：八月的夜空，从中国所在的北半球望去，南部星空的正中，是中国人名为箕座和斗宿的星座，在西方人眼中是一个整体，是一把弓，而这把弓与东北方的一组六颗星，构成了西方人所说的人马座，但这六颗星的局部，在中国还有一个名字，叫建星。他们也还完全不了解中国的占星术。相比之下，因为明初回回天官的介绍，中国人那时已知道西方命名的二十个星座。
金尼阁随身带着七千本书，其中包括哥白尼的《天体运行论》，他准备把这些西方经典全部献给中国，后来，这些书里相当一部分自然科学的书籍，经过传教士本人的改写和翻译，间接地收进了《四库全书》，从此，中国知识分子合法的必读书中，有了许多西洋的科学著作。
这批传教士当中被认为最有才华的是邓玉函，他是伽利略在著名的猞猁学会的同窗，他支持伽利略为哥白尼学说找到的证据，但他会有步骤地在中国引进他的学说，这个时候，教廷里的某些人已经开始对伽利略的行为颇有微词，邓玉函预感到这种“日心说”体系在将来的一段时间压力会越来越大，同时，他了解到中国已经对地球概念有了基本的接受，所以，他和其他人商量选定了一种折中的“第谷”系统，以此来修改中国的历法，这种理论，仍然认为地球是中心，但“安排了几颗行星，围绕太阳旋转”。
邓玉函还在船上为中国人凭空创造了一个好懂的椭圆定义：斜切的圆柱体截面。关于椭圆的函数，能进一步帮助中国人了解行星运动造成的各种地址偏移。
船上大量的时间，传教士们用来从事学术活动，起初并不友好的葡萄牙船长和水手也参加旁听，每周二、五下午邓玉函作数学讲演，并与汤若望等一起“观察天象、风向、海流及磁针指向，确定航船的位置及由船上所见的海岸和岛屿的位置”，他们每到一个岛屿或者沿海的国家都会停留，向教廷发回简报。教廷给他们的信则有一搭没一搭地到达他们，他们籍此了解教廷最近对日心说的态度，并为伽利略的命运担忧。同时，邓玉函沿途采集异兽、植物、矿石、鱼类、爬虫、昆虫等标本，绘制成图。
航行如此漫长，以至二十二人当中，有十四人，不是生病死在海上，就是被沿途的小国强征为国师或者技术顾问，1619年7月22日，金尼阁、邓玉函等人抵达澳门，他们还在经过上川岛的时候凭吊了他们的前辈——在亚洲并不得志的沙勿略的墓。
在澳门，邓玉函立刻开始做两件事：（1）学习汉语；（2）打听中国能为他翻译《远西奇器图说》的人。这本书是他在船上为中国人准备的教科书之一，搜罗了欧洲人使用的各种“新工具”，这里既包括天文仪器，也包括活塞和消防水龙。
不久，他就通过因南京教案仍滞留在澳门的传教士和一个叫王徵的陕西官员联系上了，这个人以恢复古代的机械为最大乐趣，以至曾耽误了科举，别人每年考一次，他三年才考一次，这是一个相当热心的人，他除了帮助邓玉函翻译《远西奇器图说》，后来还为了帮助邓玉函学习中文，协助他发明了一种汉语拼音系统，这种拼音以明朝的官话为基础，那多半是南京话，只有卷舌音，尚没有满人来将它扭曲，但王徵仍为中国人没有统一的口头语言而感到羞愧，事实上，明朝的官话在巡回演出的戏曲里更为通行。
1623年，传教士在澳门的等待终于有了盼头，努尔哈赤连续南攻第五个年头，朝廷需找澳门商人购买大炮，但商人半途反悔，当时督军前线的徐光启紧急奏请用澳门的西洋传教士做翻译和中间人，朝廷这才允许传教士回北京。
此时，南京教案的教训已经使曾发起“礼仪之争”的龙华民改变了态度，他回北京以后，开始真正倾听中国人内心的想法，并开始向地震后的北京人讲解地震的原理。
北京的耶稣会士终于在患难中恢复了团结。他们越来越倾向于传播知识。
但此后的几年，耶稣会士们在北京并无太大作为，除了留一两个懂得造炮的葡萄牙人督造火器，朝廷并不起用大多数西洋人，阜成门外利玛窦的墓长满野草，期间也并没有其他传教士做他的邻居，他们都还寂寞地活着，北京的气氛比较压抑，太监作恶，政治信息非常混乱，徐光启等也不大敢公开宣称自己的信仰，于是传教士们各自去了外省，一边传教，一边翻译科技著作，他们用随身的一些小象限仪，在中国的各地搜集天文资料。这种情况一直持续到崇祯即位的第二年。
这一年是1629年，徐光启升任礼部侍郎，与其说他嗅到了局面的改变，不如说他觉得终于可以用新的权力做一些事情，崇祯倒也似乎想一振万历后期荒疏懈怠的朝政,只是毫无主见，此时陕西湖北四川饥民四起，努尔哈赤不断南犯，目前国家的历法已经完全紊乱，夜观北京晴朗的天空，心情非常糟糕，袁崇焕拥兵自重的谣言也不断传到他耳朵里……也许是周围冶游的人看到一个人深夜在紫禁城的墙头看星星，知道必定是皇帝，于是歌女不用锣鼓和丝竹，而只是用紫檀和象牙拍轻轻地点着板眼，婉转低唱……
除了皇帝的焦虑，徐光启也仍然记得利玛窦生前的愿望，这一年，他尝试着召回分散各地的邓玉函、汤若望、罗维谷、龙华年等人，重新参与北京天象的观测，他有这个权力，因为礼部正好管辖着钦天监，管辖着东城的观星台——也就是现存的北京古观象台——他开始了他的改革计划，同时命众耶稣会士在北京展开了对中国的日食和月食的测定。当时，他们的观测点不在现在的北京古观象台，而在邹元标等人工作的首善书院，旁边就是利玛窦修建的教堂，也就是今天宣武门的南堂。东林党的一些年轻人，在这一带讨论朝政，传教士并不介入他们政治话题，只是听他们抱怨，在洋溢着末日论的时期，官方知识分子中信佛的气氛也越来越浓郁了。
1629年夏天的一次日食，钦天监再次推测失误，而首善书院的测量则极为准确，最振奋的人是崇祯皇帝，那一瞬间他感觉到把握了局势，但当徐光启诱使他再次提修改历法的事情，崇祯又犹豫起来，让他先设立历局。历局的人马早已就绪——诸传教士，以及李之藻这样的中国知识分子。
徐光启在陈述理想的时候说：他要为皇帝和天下组织编纂一套新的历法，这个历法应该既“上推远古，下验将来，必期一一无爽”，又能“穷源极本，著为明白简易之说，使一目了然，百世之后，人人可以从事，因有少差，因可随时随事，依法修改。”
徐的理想是要修成一部可以通过不断修改而反复使用的历法，有趣的是，在接下来的清朝，正如一个法国传教士形容说：“他们每年都要修改历法，像我国编写年鉴一样。”这至少改变了中国人死守陈规的思维方式。
不过，“修改经典”的念头显然是一把双刃剑，在后来清朝改历的同时，另一种国家文本也同样一下松动起来，那就是《清实录》这样的书，乾隆初改定太祖以来三朝《实录》之后，接下来的内容则不断地轻易修改，孟森先生认为，《实录》因轻率地不断篡改而沦为“不实之录”，史官不怕死的名声也从此扫地。
历法与历史都表达了人类在时间面前的恳切，但历史（尤其是编年史）以保存“最初的观察”为己任，试图用穷举的方法保存最无规律的事实的集合，它从不需要一个公式去归纳事实，它也不允许破坏现场，所以司马迁认为史官的德行是“清虚而自守，卑弱以自持”，史家应该是首先是空无的道家，历法研究则不断地推翻“最初的观察”，与目证人类命运截然不同，宇宙这个事物本身是高度数学化的，因此也是无法一次被看透的，而亲身经验的人类活动却有可能被较为成熟而中立的语言忠实记录，对宇宙来说，人类必须为不断地寻找的是那个最终普遍适用的时间函数而制造理论。历史学靠的是人类面对已知世界时的诚实，科学则倚赖于我们面对未知世界时的诚实。
在中国，历法始终是政治的指南，西方的历法，至少在前基督教时期，基本出于探索世界的好奇心，古希腊人以及基督教早期一部分心无杂念的宗教科学家奠定了历法和天文学的科学基础，接着，基督教给时间赋予了意义，因为这其中充满了重生和灭亡，有预言，重复和日程化的生活，是历法的要素，但人的时间与王朝的命运是一去不返的。
新的历法，新的计算方法，新的仪器——正如培根在《新工具》中所说：“认为从未被发现的东西仍然能够用旧的方法来发现，这似乎是荒唐的。”而荒唐的事情，一直在明朝持续，明明知道现行历法是错误的、过时的，却仍然坚持错下去，如萨特所说：继承错误的时代是幼稚和愚蠢的时代。
死守祖制是问题所在——并非仪器本身——徐光启也明白，旧的仪器也不是完全不可能通过长期积累数据、调校和修正目前的算学公式来实现较为准确的天象预测以及时间的计算，犹如一个盲人通过多年的摸索也能够了解大象的轮廓，但“太慢了……”——如不革除这些陈旧的机器，新的基于更先进的天文理论的函数模型就无法建立，历法改革就无法迅速进行。何况，多年的铜制机械也不免有严重的变形，这些也都是变革的好理由。
历局最根本的成就，正是一部名为《崇祯历书》的历法，它完成于1634年，传教士在历局制作的新仪器使它更像真理，它也的确是按照邓玉函在船上就想好的，以“第谷体系”为基础，融会了欧洲最新的天文成果的先进历法，伽利略望远镜的观测结果则被不露痕迹地运用其中。 “第谷体系”实际上意味着欧洲人对“哥白尼体系”缓和地接受，它在中国的清朝继续保持着官方的认可。
《崇祯历书》在保持了“大统历”的外衣的前提下，在中国官方历法中加入了几何的内容，填补了中国历法只有经验函数的空白，人们开始直观地认为：西学带来的那些几何模型是天体运行真正的画面。
仿佛知道自己命不久矣，在历局成立之后，53岁的邓玉函立刻加紧了工作，在半年时间里撰写了《测天约说》2卷，此书为《崇祯历书》制定了框架，邓玉函还与汤若望一起主持制造了数种天文仪器，1631年，邓玉函在工作的时候去世，他像一个中国普通的科技工作者那样工作，并且已经很多年无暇传教了。他是继利玛窦之后第二位在中国去世的耶稣会士，他像一个真正的科学家那样死去。他另一项未完成的工作是将中国所有的草药一一研磨蒸馏成粉末剂。
1633年，邓玉函的同学伽利略被罗马教廷判处终身监禁，据说他曾经因为不明的原因拒绝过邓玉函的来华邀请，他无法想象，当时在中国明朝首都北京，有一个叫历局的政府天文机构，那里是东方真正的学术中立之地，是真正的宗教庇护所，他大可以在那里自由地研究，因为明朝末年的中国人看起来“几乎什么都能接受”，传教士的科学知识促使徐光启这样的中国知识分子，改变中国传统的“体用不分”的知识观，重新将世界上的知识分类，试图由天文学触发产生另外十种实用学科，给自然科学摘掉了沉重的政治与伦理的帽子。明朝政府似乎从未陷入类似“日心说”的争论，他们只会斩首测不准天时或者企图谋反的人。
当然，徐光启并不知道，他试图在中国普及的这些西洋知识，在西方也并不一定是主流，许多学说正面临围攻。他不大了解伽利略的事。
总的来说，中国人也一直非常善于解构耶稣会传教士头脑中的神学与科学的知识，他们一面努力不为宗教所动，一面让传教士充分展现科学的奇迹，即使在“礼仪之争”最激烈的时候，康熙这样的皇帝还坚持让这些天主教科学家在宫廷里面自由地研究。在官方于各地捣毁教堂的时候，乾隆也允许传教士在紫禁城里建造教堂。这正是发展中的文明的统治者的伪善。
但换句话说，利玛窦想通过科学将中国人引向宗教的努力也就这样被中国人的“二元论”消解了。
17世纪至18世纪上半叶，从路易十四时代开始，被称为“国王的数学家”的新一批耶稣会士由国王和法兰西学院派遣来中国，许多人在北京赶上了汤若望的后继者南怀仁的出殡——他们和死者一样，穿着中国官服，他们也必须按照中国的规矩，在队伍里当街号哭，许多人开始不习惯，后来渐渐适应了大声号哭，他们最终觉得“对南怀仁的去世，如中国人那样表达悲伤并不过分”，……他们身上的基督教色彩就更淡了，他们也正好赶上康熙等皇帝开明的当政期，成了皇帝御用的天文学家，数学老师，画家，尼布楚谈判顾问……
这是中国与西方最后一个难得的平等交换知识的时代，法国人非常虚心地通过白晋这样的归国传教士以及黄嘉略这样个别的飘零海外的中国人了解中国，康熙成为法国国王的榜样，复古的两朝老臣亨利•贝尔坦开始效法中国对古老制度的维持，魁奈则从农业中国一些古老的经济思想，领悟了重农主义的精髓，许多传教士成了汉学家。
而中国宫廷则继续让传教士展现他们自然科学方面的才华。
汪洪达神父在1769年9月15日于海淀写给巴黎布拉索神甫的信中说：
“……我们在宫廷里为严厉的皇帝制造钟表，日晷和机器人。我都快要成为官员们的钟表匠了……只要严厉的皇帝（乾隆）不盯着，我们就可以自由地祈祷，中国人对自己的宗教并不十分重视。” 但是，四年以后，也就是1773年，罗马教廷宣布解散了耶稣会——除了耶稣会在中欧以及南美地区的金融腐败、参与流氓国家的政变等原因，重要的理由还在于：教廷以及其他教派实在是无法容忍耶稣会“因在亚洲传播知识而忘记了传福音、过于适应当地习俗”的做法。
道光时，来华的外国传教士和一百年前的耶稣会士已经完全不同：此时开始有大量素质并不高的新教教士进入中国，1814年恢复的耶稣会的成员也已经非常平庸——他们既不懂科学，也不屑于“适应中国”，他们甚至不学汉语，伴随着鸦片贸易的增长和侵华战争的酝酿，传教士的种族优越感越来越强烈，他们坚持“欧洲中心论”，加上普通的中国人对同一个宗教分裂为如此多的教派固有的不习惯，以及晚清的新知识分子、维新派以及洋务派对佛教在内的宗教普遍的排斥，这些都破坏了中国人对西方传教士原有的尊敬……梁启超开始一面饱读西洋政治学著作，接受那对中国人来说更不自然的“民主”与“宪政”的观念，一面反对曾是知识载体的西洋宗教，魏源则在《海国图志》里将天主教评为“末学”，道光皇帝干脆于1821年，亲自在大清刑律中加入一条禁绝西洋宗教的条款：宣扬“天主教”的欧洲人、他们的鞑靼和汉族弟子，将受到惩罚——按照情节轻重，惩罚从普通的肉体惩罚到流刑和凌迟不等……而对西洋科学，一些曾经热中西学的读书人也开始尝试着考证：它全部的根都来自上古的中国。
现在且让我们重新回到1633年——这一年，徐光启也病逝，去世前他已经主持完成了《崇祯历书》的大部分工作，主要精力正用于以西洋火器装备新军——但这个计划始终没有实现，连兵源也因孔有德吴桥兵变而丧失，徐与西洋传教士督造的火器也全部落到金人手里。
几年以前，他的朋友、历局的中国骨干李之藻也因劳累吐血而死。 他死时刚出版了关于唐朝景教中国碑的解释性著作,他只是粗略地以为，那正是利公的同一个教派，他并不知道，景教乃是基督教中古老的异端，但这些西洋教士至少都信仰天主。这个聪明的中国人，到死也只是个囫囵的皈依者，他的传教士朋友也从未向他揭示天主教内部的纷争。他在天文学和舆图学方面的知识，显然比基督教方面的知识要精细。
1633年，明朝历局里的耶稣会西洋传教士，他们哀悼了徐光启的去世之后，仍然像小职员那样埋头工作，继续完成《崇祯历书》最后的一部分工作，在中国机构中，他们俸禄微薄，也没有任何特权，对于他们工作失误的惩罚，也没有任何外交色彩的豁免，皇帝只会因为爱惜人才而从轻发落，他们也越来越无法抽身出去传教，有时候，他们也不完全清楚自己在这里工作到底是为了什么，他们是中国的国家雇员，偶尔能以工作的名义出外旅行，他们配给了一些可以用来免费使用国家交通工具的“邮符”，但并非象中国钦差那样受到地方官的隆重接待，地方官府已经忙得不可开交，各地吃紧，军队频繁调度，运河南下的船载着被贬谪或告老的原首都官员，在路上观测宇宙则随时会被官兵撞倒，他们只会在北京工作的间歇，和中国同事谈论一下天主和圣母的故事，他们规定自己一个月才能写一封家信。如果超过了本年的额度，就会在第十三封信中忏悔。
遗憾的是，《崇祯历书》从没有真正实行过，哪怕一年，当它完成以后，朝廷陷入了漫长的争论，这时候，东局的草根天文学家们跳出来，先后同历局的天文工作者比试了八次，次次都失败，但崇祯仍然无法下决心推行新历。
利玛窦的预言果然准确，当年，他的确警告过徐光启，这群民间的小人物将阻碍中国的历法改革，他的另一个警告则是要求在华的传教士科学家提防方士利用中国传统星象学的陷害，这一灾祸在下一个朝代降临到了长寿的汤若望身上——这个被顺治皇帝尊为“玛法”（即满语“老爷爷”）的外国老头——传教士中官至钦天监的人——在鳌拜当道时，受到中国天文史上最无耻的假方士杨光先的弹劾，险遭凌迟，中国那些传统的风水术，成了对汤若望这个外国人来说最险恶的数学，杨光先还因汤若望只将历法编了三百年（对清朝的寿命来说是预言一样的数字），指责他无视中国皇帝是“万万岁的”——像这样的攻击，实在无法防备——在汤若望等死的一个月里，幸亏北京出现了及时的闪电和地震，加上孝庄皇后的占星术做出了对他有利的解释，他最后得以逃脱极刑，但他的5位中国同事仍被凌迟，杨光先则占据了他的职位，第二年，汤若望忧郁而死，康熙上台之后，南怀仁用“知识的力量和一点点技巧”为他报了仇。传教士始终能准确的预测日食和月食，这使他们相当雄辩——只要当朝的皇帝（哪怕是个暴君）是个稍微讲道理的人。
中国传统的天文学，并不以窥见星辰的实体为荣，他们满足于通过赤道坐标体系的星盘掌握星辰的位置和运动，以此掌握人与天下的命运，所以明代的中国知识分子对西方天文学的接受，只限于几何学模型的阶段，并未继续向物理的方向发展，开普勒的引力思想，只在《崇祯历书》中提过一句； 即使汤若望为徐光启制作了三台专用的望远镜，观星台上必备的仪器也并没有望远镜，利用那些结构似乎一览无遗的浑仪、简仪，人们仍然只是通过没有玻璃的细槽，将目光锁定在某一颗星星上。尽管人们很早就确认陨石是星星的真相，他们仍然习惯将它们看成某种发光的象征物。
在明朝的最后几年，早已没有徐光启这样有魄力的大臣继续呼吁实习新历法。崇祯似乎仅仅满足于有洋人为他测准日食和月食。这样的僵局一直持续到李自成攻陷北京也没有改变。
1644年3月19日，李自成的人马似乎比预期的时间来得更早，这使得崇祯仓皇自尽，这比晚报了的日食更加可怕。
当天晚上，汤若望正在观星台等候命运，以后中国每换一次皇帝他都要等候一次命运。北京被攻陷的感觉，他也不是第一次领略：1629年冬天，也就是历局成立不久，努尔哈赤绕开山海关,从蒙古段突破长城，直逼北京,也是从西而来，德胜门几破。
那次幸亏从山海关急行军而来的袁崇焕背城一战，广渠门和左安门两次胜利使京师转危为安，但袁本人中了反间计，次年被崇祯凌迟，他的尸体为京城百姓分食，他没有儿子，但他的军队仍在山海关以北的各个要塞履行职责，1623年以来西洋传教士协助购买或督造的大炮也仍在那里发挥作用。但凝聚国家的那股气正在消散……
1644年3月19日，当西部的农民起义军又从德胜门进入北京，他们并没有骚扰滞留的明政府历局天文学家汤若望和他位于城东观星台的那些几乎无法搬动的测天仪器——农民们在多年以前就改掉了“张献忠式的”屠城做法，也因为他们成了主人，整个国家都是他们的封邑了，所以他们相当和平——让汤若望稍微有些遗憾的是，一个中国朝代就这样结束了，他服务的政府一下就没了——在崇祯的尸体前，连李自成表面上也惋惜：不能和崇祯“共同管理国家”——五十二岁的汤若望重新抬头仰望星空，他仍然不了解中国的占星术，未来的中国还不知道会如何，他的许多中国同事要么殉国，要么投降，要么进山流亡，而他将继续为新的政府服务吗……只是这《崇祯历书》却始终没有派上用场，如此说来，明朝政府在统治中国的几百年里，从没有能成功地掌握时间。
